神兽的捕捉是游戏进程的重要环节。三圣鸟作为早期可遭遇的神兽，分别位于特定地点：火焰鸟栖息于七子岛中一岛火山顶，闪电鸟藏身于无人发电厂内部，急冻鸟则需在双子岛通过推石头堵住瀑布后深入洞穴捕获。超梦作为剧情核心神兽，需在通关后前往华蓝洞窟最深处，该区域入口位于神奇宝贝村附近。这些神兽等级均为50级左右，建议携带对应属性克制的宝可梦与高级球。
雷公、炎帝和水君三大神兽的触发条件较为特殊。需先完成主线任务击败四大天王和冠军，随后在夜晚使用神秘信件于特定地点召唤。雷公出现在岩山顶端，炎帝位于熔岩洞深处，水君则潜伏于瀑布底部。根据初始选择的御三家属性不同，玩家仅能遇到三者之一：选择水系御三家对应炎帝，火系对应水君，草系对应雷公。捕捉时建议使用睡眠粉或麻痹状态提升成功率。
部分隐藏神兽需要完成支线任务才能解锁。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，等级为30级且为超能力属性。洛奇亚位于第八座彩虹岛右下方，等级高达70级，具有超能+飞行双属性。而阿尔宙斯作为终极神兽，需激活丰缘地区神殿全部能量石后方可在顶层遭遇，其全属性抗性使得战斗策略需提前规划。这些神兽的栖息地通常设有复杂地形障碍，需掌握冲浪、怪力等秘传技能才能抵达。
捕捉神兽的通用技巧包括将目标HP削弱至红色状态，并施加睡眠或冰冻异常状态。时间球在战斗超过30回合后效果最佳，而针对特定属性神兽可借助天气加成，例如雨天提升水系捕捉概率。急冻鸟洞穴的推石解谜需按上→右→下→左顺序操作，闪电鸟所发电厂迷宫可贴左侧墙壁直通深处。火焰鸟山顶区域需准备水系或岩石系宝可梦对抗其火属性技能。
闪电鸟拥有极高速度与特攻，建议使用地面系技能抵消其电系优势。急冻鸟的冰冻光线具有强控场能力，火系宝可梦可有效反制。超梦具备自我再生能力，持久战需携带恶系技能压制。雷公的放电范围广，绝缘特性的宝可梦可减少伤害。了解这些特性后，合理搭配队伍成员能显著降低捕捉难度。
