舰船的自主操作主要依赖计划圈和增援指令。计划圈是控制舰队行动的核心工具，划定范围后，舰队会自动执行开采、巡逻或封锁任务。增援指令则能让慢速母舰快速抵达战场，比如先用高速护卫舰建立计划圈并激活曲率航行支持，再增援母舰，这样太阳鲸这类龟速舰船也能以4500曲率速度移动。合理利用这两种功能，可以大幅减少手动操作频率，让舰队智能化运转。
舰船的自动化行为还受到编队逻辑影响。系统会根据舰船类型自动分配前中后排站位，前排承受伤害，中后排负责输出。因此搭配舰队时要注意速度协调，避免让龟速战巡拖累整支舰队。高速护卫舰适合单独编组执行侦查或骚扰任务，而重甲舰船则适合与同速舰组队打阵地战。舰队整体速度由最慢的舰船决定，灵活运用增援功能可以解决速度不匹配的问题。
技术值加点是实现舰船自主作战的另一关键。输出型舰船优先强化暴击和冷却缩减，肉盾型则点满护甲和能量抗性。动力系统中的闪避强化能提升生存能力，但移动速度加成性价比不高，建议最后考虑。载机舰需要重点强化机库属性，而工程舰必点仓储容量。这些加点策略能让舰船在无人操控时仍保持高效表现，比如红宝石离子炮型自动锁定高价值目标，ST59自动吸引火力保护队友。
最后别忘了利用游戏内的自动化辅助功能。工程舰可以设置为自动采矿，只需点击资源点选择开采指令。海盗中立协议升级后还能派遣小弟协助采集或进攻，进一步解放双手。虽然无法手动调整战斗阵型，但通过预判敌人类型和合理配置舰船属性，系统自动战斗同样能打出漂亮战绩。多观察实战回放，不断优化舰船搭配和加点方案，你的舰队会越来越聪明。
